Le processus d’apparition et progression du cancer est principalement régulé par deux facteurs, les changements génétiques/épigénétiques à l’intérieur des cellules tumorales malignes et les altérations du micro-environnement tumoral (TME) qui les entoure. Le développement tumoral est dynamique, les cellules cancéreuses et le TME co-évoluent à travers le temps, conduisant à une hétérogénéité spatiale et temporelle. La complexité de ces interactions et des architectures cellulaires est responsable de l’hétérogénéité entre les patients ainsi que de la variabilité de leurs réponses à la thérapie. Pour l’avancement du traitement contre la tumeur, le besoin d’une médecine personnalisée est apparu, ce qui à son tour requiert un profilage moléculaire précis au niveau individuel. Des profils d’ARNs et protéines résolus dans l’espace sont cruciaux pour comprendre comment chaque composant cellulaire affecte la croissance tumorale et comment il répond aux différentes thérapies, fournissant des informations essentielles pour des opportunités de traitement. Grâce à des nouvelles approches de protéomique spatiale, une cartographie détaillée du TME a été rendue possible, déchiffrant des échantillons complexes de tissus au niveau de la cellule unique.
La plateforme COMETTM est un instrument basé sur la microfluidique qui permet un protocole d’immunofluorescence séquentielle (seqIFTM) entièrement automatisé, en incluant la coloration et l’imagerie des échantillons de tissus. Grâce à sa technologie basée sur la microfluidique et les incubations douces, elle permet de détecter rapidement 40 antigènes par procédure automatisée sur une unique lame, en maximisant ainsi la quantité d’informations obtenue par échantillon. Les protocoles d’immunofluorescence hyperplex de COMETTM peuvent être effectués sur plusieurs types de tissus et sont compatibles avec tissus fixés au formol et inclus dans la paraffine ou fraîchement congelés.
Ici, nous montrons le développement de panels immuno-oncologiques hyperplex avec COMETTM. Les marqueurs ont été validés sur des tumor microarrays (TMAs) et sur des contrôles positifs comme des organes lymphoïdes, sur lesquels nous avons démontré la possibilité d’effectuer une coloration 40-plex avec COMETTM. Une analyse plus approfondie sur tissus de tumeurs humaines a montré que des panels sélectionnés pour des marqueurs d’intérêt fraîchement congelés peuvent être utilisés sur des tissus de prédilection, affichant la valeur de COMETTM dans le procédé d’immunophénotypage et dans la compréhension du TME.