14 - Transcriptomique spatiale à l’IGBMC/ICS à Strasbourg
Olivia WENDLING1,2, Hugues JACOBS1, Patrice GOETZ-REINER1, Christelle THIBAULTCARPENTIER2, Romain KAISER2, David RODRIGUEZ2, Céline KEIME2, Tao YE2, Darya YANUSHKO2 and Gilles LAVERNY2
1 CNRS, INSERM, CELPHEDIA, PHENOMIN - ICS, Université de Strasbourg, France
2 CNRS, INSERM, IGBMC, Université de Strasbourg, France
La transcriptomique spatiale est une technologie qui combine le profilage à haut débit de l’expression des gènes avec l’information spatiale des cellules dans les tissus ou les organes. De manière générale, ces techniques varient en termes de résolution spatiale et d’étendue des tissus couverts. Il existe deux types de méthodes de profilage, l’une pour de la transcriptomique pour l’ensemble du génome au prix d’une résolution spatiale limitée ; l’autre pour de la transcriptomique ciblée (quelques centaines à quelques milliers de gènes) avec une résolution spatiale subcellulaire. Cette séparation existe aujourd’hui mais tend à converger avec l’évolution des techniques.
Le service d’Histologie de l’ICS et la plateforme Genomeast de l’IGBMC travaillent en étroite collaboration pour les projets de spatiale transcriptomique. Les technologies Visium et Xenium de 10X Genomics et GeoMx DSP de Nanostring sont proposées. Nous développons actuellement différents marqueurs morphologiques (anticorps couplés à des fluorochromes) permettant la caractérisation de types cellulaires sur coupes paraffine. Par exemple des coupes de glioblastomes humain, de muscle et/ou de cancer de la prostate murins. L’utilisation de ces marqueurs morphologiques permet d’éviter de passer par des étapes de déconvolution pour typer les cellules à partir de données préalables en transcriptomique «single cell».
Les technologies Visium et GeoMx proposent d’utiliser des marqueurs morphologiques validés pour identifier les cellules, et bien que leurs catalogues soient en perpétuelle extension, il demeure fréquent que les utilisateurs doivent adapter les protocoles d’immunohistochimie aux protocoles de spatiale transcriptomique. Classiquement, en anatomopathologie, des marqueurs intéressants sont des protéines du cytosquelette tels que les filaments intermédiaires (cytokératines, desmine, vimentine…). Notre expérience a montré que ces marqueurs résistent mal aux traitements protéinase K et ne sont pas des cibles de choix pour ces techniques.
