La transcriptomique spatiale est une technologie permettant d'analyser l'expression des gènes dans leur contexte spatial. Les technologies Visium de Genomics et GeoMx DSP de Nanostring font parties des technologies les plus utilisées actuellement. Visium utilise une lame de capture d'ARN pour capturer des transcrits dans le tissu, tandis que GeoMx utilise des sondes d'hybridation in situ photoclivables pour cibler les transcrits. A l'institut du Cerveau, la plateforme d'histologie (Histomics) travaille en étroite collaboration avec la plateforme de génomique (iGenseq) et la plateforme d'analyse des données (DAC) pour développer un flux de travail complet de transcriptomique spatiale sur des échantillons de cerveau dans le cadre de la recherche en neuroscience.
Ces deux technologies manquent actuellement de standardisation et nécessitent une optimisation des protocoles expérimentaux en fonction du type de tissu et des biomarqueurs. Afin de surmonter ces défis, nous avons établi et validé des protocoles expérimentaux spécifiques sur le cerveau de souris pour ces deux technologies. Pour Visium, nous avons adapté le protocole au tissu cérébral congelé de souris dans le cadre d'un projet de recherche sur le glioblastome. Pour GeoMx DSF), nous avons validé des protocoles spécifiques au cerveau de souris pour différents biomarqueurs tels que IBA1 (microglie), Olig2 (oligodendrocyte), GFAP (astrocyte) et NeuN (neurone). Pour cela, nous avons testé différents paramètres tels que les conditions de démasquage, de digestion de tissu par la protéinase K et d'autres modalités de marquage de protéines cibles. Ces procédures standardisées nous permettront d'augmenter la fiabilité et la reproductibilité de ces deux technologies et d'ouvrir la voie à des applications innovantes de ces technologies pour explorer la diversité cellulaire et fonctionnelle du cerveau normal et pathologique.