La technologie RNAScope a été largement décrite pour les tissus inclus en paraffine (FFPE) et les cryosections. Dans les deux cas, les protocoles généraux et les recommandations d’ ACD portent sur des coupes fines d’une épaisseur maximale de 20 um.
Dans le domaine des neurosciences, de nombreux laboratoires disposent de coupes flottantes conservées à -80°C mais ce sont généralement des coupes d’une épaisseur supérieure à 20µm. Ces sections flottantes permettent d’effectuer des protocoles de comptage spécifiques tels que la stéréologie et d’effectuer l’étude des segments initiaux des axones et des dendrites. En outre, nombre de ces échantillons présentent une expression endogène de protéines fluorescentes permettant d’identifier des populations neuronales spécifiques, qui sont bien préservées lors de la préparation de la cryosection.
Notre première question était de savoir si nous pouvions utiliser ces coupes épaisses flottantes pour réaliser le RNAScope et obtenir un marquage de bonne qualité. Les épitopes de la protéine luorescente étaient-ils préservés et pouvions-nous les identifier à l’aide d’anticorps après avoir réalisé le protocole RNAScope ?
En gardant cela à l’esprit, nous avons testé la conformité des échantillons en effectuant une évaluation initiale en utilisant des sondes RNAScope positives et négatives suivies de deux anticorps différents anti-GFP. Nous avons obtenu un marquage de bonne qualité avec les sondes et les anticorps GFP. Cela a permis d’appliquer ce protocole à un projet de recherche, permettant l’identification des neurones GABAergiques exprimant la GFP après une injection stéréotaxique d’un vecteur viral.