Les protéases jouent des rôles essentiels en physiologie et en physiopathologie. Pour bien comprendre la fonction d’une protéase donnée, il est important de déterminer son origine cellulaire et de pouvoir ainsi visualiser son activité dans les tissus. La zymographie in situ est une technique appropriée pour répondre à ces questions. Pour effectuer une zymographie in situ, des cryosections de tissus non fixés sont incubées avec un substrat protéique lié à un fluorochrome désactivé. Lors de la digestion de ce substrat par des protéases endogènes, les produits de clivage émettent de la fluorescence permettant leur visualisation par imagerie à fluorescence. Différents types d’activités protéolytiques peuvent être ainsi révélés en fonction de la nature des substrats, de la composition du tampon et de l'utilisation d'inhibiteurs de protéase. L'intérêt de cette technique est de pouvoir localiser précisément l’activité de la protéase dans un tissu et de corréler l'intensité de cette activité avec un contexte physiopathologique. Cette approche est utile dans différentes situations où les protéases actives sont soupçonnées jouer un rôle, comme dans certaines pathologies cutanées et digestives.