La croissance du muscle squelettique chez les poissons de grande taille comme la truite procède à la fois par un mécanisme d’hypertrophie (augmentation de la taille) et d’hyperplasie (augmentation du nombre) des fibres musculaires pendant une grande partie de leur cycle de vie. La caractérisation et la quantification de ces mécanismes nécessitent de réaliser des coupes transversales de muscle afin d’identifier les fibres musculaires et de mesurer leurs surfaces. Pour cela, il est nécessaire de disposer d’outils permettant de faire ces analyses sur un grand nombre de fibres (400 à 1000) et sur de nombreux animaux. L’automatisation informatisée de ces mesures repose sur l’obtention d’images histologiques qui présentent un contraste suffisant entre les différents tissus présents au sein du muscle (tissu conjonctif, adipeux et fibres musculaires). Ainsi, à partir de coupes paraffine, nous avons utilisé des colorations topographiques comme celle du Rouge Sirius associée au Vert « Rapide » ou des marqueurs fluorescents comme l’agglutinine de germe de blé associée à des Alexa fluor. Ces deux types de marquage permettent notamment de marquer le contour des fibres musculaires et donc de mesurer leur surface. Désormais, l’utilisation des méthodes d’intelligence artificielle facilite l’analyse en permettant une détection automatique plus précise des fibres musculaires. Ces analyses ont été utilisées dans différents programmes de recherche et nous ont permis de montrer les effets de facteurs d’élevage comme l’activité de nage ou l’origine génétique des animaux sur la croissance musculaire. Nous avons également pu montrer les relations entre la taille ou le nombre des fibres musculaires et des paramètres de qualité comme le rendement en filet ou la résistance mécanique de la chair.