La caractérisation spatiale des écosystèmes tumoraux constitue un enjeu majeur pour mieux comprendre l’hétérogénéité des tumeurs et de leur microenvironnement. Les technologies de transcriptomique spatiales (ST) permettent d’obtenir un profilage highplex des ARN à une résolution cellulaire et transforment notre compréhension des tumeurs, de leur évolution, et de leur réponse au traitement. La combinaison du profilage du transcriptome entier avec le contexte morphologique natif des tissus permet une cartographie des transcrits à la résolution cellulaire à partir d’échantillons FFPE.
La plateforme ICEP offre la technologie Visium HD en accés ouvert. Cette technologie est à l’interface entre l’histologie et la biologie moléculaire. L’instrument CytAssist, acquis récemment, permet le transfert des sondes d’expression génique sur lame Visium HD depuis une coupe de tissu coloré sur lame histologique standard.
La mise en place de cette technologie a nécessité de nombreux aménagements sur notre plateforme d’histopathologie expérimentale qui seront décrits dans ce poster tout comme la nécessaire collaboration avec les équipes de recherche et les bio-informaticiens pour le post-analytique.