La co-détection ARN-protéine apporte en générale des informations complémentaires sur l’expression de gènes d’intérêts. Elle est souvent utilisée pour étudier l’expression de gènes type cellulaire spécifiques et localiser des protéines interagissant avec des ARNs. La technologie RNAscope (BioTechne) est une méthode d’hybridation in situ permettant de localiser des ARNs avec une haute sensibilité et spécificité. Cette technologie combinée à l’immunofluorescence (IF) permet de détecter simultanément des ARNs et des protéines dans le tissu. La combinaison RNAscope-IF est utilisée couramment sur des coupes tissulaires pour la co-détection ARN-protéine. Cependant, elle est très peu développée pour des échantillons entiers 3D tels que les organoïdes. Les organoïdes cérébraux sont des modèles 3D très prometteurs et de plus en plus utilisés en neuroscience en raison de la difficulté d’obtenir des échantillons de cerveaux humains et des différences existant entre l’homme et les modèles animaux. Nous présentons dans ce poster une optimisation du protocole d’hybridation RNAscope combinée à l’immunofluorescence pour la co-détection d’ARNs et de protéines dans des organoïdes cérébraux humains 3D. La détection combinée des ARNs et des protéines dans des échantillons entiers en 3D est un processus long et complexe. Elle nécessite une optimisation du protocole expérimental en fonction du type et de la taille des échantillons et des marqueurs biologiques d’intérêt. Dans cette étude, nous avons comparé différentes méthodes de prétraitement de tissu (iDISCO et SDS) et optimisé la détection des ARNs et des protéines. Nous avons ainsi validé et standardisé un protocole d’hybridation in situ (RNAscope) combiné à l’IF pour des organoïdes cérébraux 3D mesurant de 1 à 2 mm de diamètre.