Les organoïdes sont des modèles in vitro à base de cellules capables de reproduire la complexité des structures et fonctions du tissu correspondant. Ils peuvent être utilisés pour des études fondamentales, mais aussi pour la modélisation de maladies, la découverte de médicaments et la médecine personnalisée. L'histologie est une méthode clé pour évaluer la morphologie et la composition cellulaire des organoïdes. Bien que le traitement des organoïdes par fixation au formol et inclusion dans la paraffine soit généralement considéré comme permettant de mieux préserver leur structure et qu'il soit souvent la méthode privilégiée dans la littérature, nous avons mis au point un procédé de congélation efficace qui permet de maintenir la continuité de nos pratiques et de notre expertise en histologie standard. Des organoïdes cardiaques murins et des mini-muscles murins ont été fixés dans du paraformaldéhyde. Les organoïdes ont ensuite été plongés dans du saccharose puis enrobés dans de la gélatine et congelés dans de l’isopentane refroidi avec de la carboglace. Afin de faciliter les processus de coupe, divers tests utilisant des colorants ont été réalisés pour améliorer la visualisation des organoïdes dans les blocs congelés. Le choix de l'approche optimale s'est fondé sur des évaluations hématoxyline et éosine et d'immunofluorescence permettant de mettre en évidence les structures préservées. L'expression endogène de la protéine fluorescente verte a été maintenue après ce processus, tout comme l'application de protocoles d'immunofluorescence efficaces. En conclusion, nous avons mis au point un processus de congélation standard pour les organoïdes qui permet des explorations morphologiques et immunohistologiques approfondies.