Les approches de multi-omique spatiale permettent d’explorer simultanément l’organisation transcriptionnelle et protéique des tissus avec une résolution cellulaire. Dans ce contexte, la combinaison des technologies Xenium (10x Genomics) et MACSima (Miltenyi) représente une stratégie prometteuse pour intégrer transcriptomique et protéomique spatiales sur une même coupe tissulaire. Cependant, les traitements nécessaires à l’analyse Xenium pourraient modifier l’intégrité tissulaire ou affecter les
signaux protéiques détectés ensuite par MACSima.
Cette étude vise à évaluer la compatibilité d’un workflow séquentiel Xenium → MACSima et à étudier l’impact potentiel du pré-traitement Xenium ainsi que du délai entre les deux manipulations sur les performances protéomiques. Trois conditions expérimentales ont été comparées : (i) une acquisition MACSima seule servant de contrôle, (ii) une acquisition MACSima réalisée 24 h après Xenium, et (iii) une acquisition MACSima réalisée un mois après Xenium.
Les analyses portent sur la qualité des signaux protéiques, l’intégrité morphologique des tissus et la conservation des profils de marquage entre conditions. Ce travail a pour objectif d’identifier les paramètres critiques influençant la compatibilité entre ces deux technologies et de contribuer au développement de workflows multimodaux robustes combinant transcriptomique et protéomique spatiales sur une même coupe tissulaire.