L’imagerie en trois dimensions d’échantillons épais est limitée par la réfraction et l’absorption de la lumière par les composants tissulaires (lipides, pigments, etc.). Afin de limiter ces phénomènes et de permettre l’acquisition d’images sur toute l’épaisseur d’une racine, il est nécessaire de rendre les échantillons transparents en dépigmentant et en homogénéisant les différents indices de réfraction au sein du tissu, par des traitements chimiques. Cette technique, appelée transparisation, permet une analyse tridimensionnelle des structures d’intérêt marquées par fluorescence sur des échantillons épais. Plus d’une vingtaine de techniques différentes de transparisation des tissus sont basées sur ce principe de clarification [1]. La plupart d’entre elles ont été développées et optimisées pour la transparisation des tissus animaux ; en particulier les tissus mous comme le cerveau. Bien que développées chez les plantes depuis plusieurs décennies, seules quelques méthodes récentes sont compatibles avec un marquage fluorescent et leur efficacité repose sur la transparisation d’organes et de tissus chlorophylliens (feuilles et tiges). Toutefois, aucune méthode n’avait encore été développée à ce jour pour transpariser les racines afin de pouvoir étudier notamment les interactions entre les racines et les microorganismes du sol. Dans ce contexte, nous avons développé un protocole de transparisation pour une plante d’intérêt agronomique ayant des racines avec des tanins : la vigne [2]. Une fois les racines suffisamment transparentes, nous avons procédé à différents marquages fluorescents et nous avons démontré que ce protocole est adapté aux racines tanniques mycorhizées.