La croissance du muscle squelettique chez les poissons de grande taille comme la truite procède à la fois par un mécanisme d’hypertrophie (augmentation de la taille) et d’hyperplasie (augmentation du nombre) des fibres musculaires pendant une grande partie de leur cycle de vie. La caractérisation et la quantification de ces évolutions structurales nécessitent de réaliser des coupes de muscle afin d’identifier les fibres musculaires et de mesurer leurs surfaces et diamètres en coupes transversales. Pour cela, il est nécessaire de disposer d’outils permettant de faire ces analyses sur un grand nombre de fibres (800 à 1000) et sur de nombreux animaux. L’automatisation informatisée de ces mesures repose sur l’obtention d’images histologiques qui présentent un contraste suffisant entre les différents composants présents au sein du muscle (tissu conjonctif, adipeux et fibres musculaires). Ainsi, à partir d’échantillons inclus en paraffine, nous avons mis en œuvre des colorations histologiques comme celle du Rouge Sirius seul ou associé au Vert « Rapide » ou des marqueurs fluorescents comme l’agglutinine de germe de blé associée à des Alexa fluor™. Ces deux types de marquage permettent notamment de mettre en évidence le contour des fibres musculaires en vue de mesurer leur surface en coupe transversale. Ces analyses ont été utilisées dans différents programmes de recherche et nous ont permis de montrer les effets de facteurs d’élevage comme l’activité de nage ou l’origine génétique des animaux sur la croissance musculaire. Nous avons également pu montrer les relations entre la taille ou le nombre des f ibres musculaires et des paramètres de qualité comme le rendement en filet ou la résistance mécanique de la chair. Ces dernières années, l’utilisation des méthodes d’intelligence artificielle ont facilité l’analyse en permettant une détection automatique plus précise des fibres musculaires.