Les techniques d’immunomarquages permettent la mise en évidence de la localisation in situ de protéines, qu’elles soient tissulaires ou cellulaires, cytoplasmiques, membranaires ou nucléaires, et spécifiques d’une fonction ou d’un type cellulaire. Les avancées récentes des immunomarquages ont permis l’émergence du multiplexing. Les techniques classiques de marquage (colorimétrie ou fluorescence) ne permettent la détection que d’un nombre restreint de biomarqueurs sur une même coupe de tissu ne permettant pas d’appréhender la complexité du microenvironnement tissulaire. Les avancées récentes des méthodes en immunomarquage ont permis l’émergence du multiplexing tissulaire : détecter sur une même coupe de tissu plusieurs dizaines de biomarqueurs protéiques.
L’essor de ces technologies est associé à l’évolution d’une part, des possibilités de révélation des immunomarqueurs, des systèmes d’acquisition d’images plus performants en termes de sensibilité de détection et de résolution, et d’autre part au développement des approches d’analyses bio-informatiques et de l’intelligence artificielle. Les techniques de protéomique spatiale varient par leur stratégie de révélation (par une enzyme, par un anticorps couplé à un tag métallique ou à un fluorochrome, etc.). Dans tous les cas, le multiplexing permet une analyse spatiale du tissu. Quelle qu’en soit la méthode de révélation, il permet de comprendre l’organisation des populations cellulaires au niveau du tissu, par exemple pour l’étude du microenvironnement tumoral ou inflammatoire. En permettant une analyse spatiale du tissu, différentes méthodes de multiplexing en immunofluorescence existent et les questions scientifiques posées orientent le choix technologique.
Cet article présente quelques unes de ces méthodes : principe, étapes et points d’attention associés, acquisition et analyse des images, sur différents projets et types de tissus :
1) La méthode multiplex avec le système d’amplification du signal à la tyramide (TSA) couplé à des fluorochromes Opal™, développée par la société Akoya Biosciences®. Cette méthode permet la révélation simultanée jusqu’à 9 marqueurs.
2) La méthode multiplex grâce au système VectaPlex™ commercialisé par la société VectorLaboratories®. Cette méthode peut également être combinée à la précédente.
3) La méthode PhenocyclerTM (anciennement Codex® pour Co-Detection by IndeXing) distribuée par la société Akoya Biosciences®. Cette méthode permet la révélation de plusieurs dizaines de marqueurs.