MICA : de l’acquisition à la gestion et l’analyse d’images en biologie
Frédéric BRAU
IRCAN - Inserm U1081 - CNRS UMR7284 - UniCA, Campus Santé Pasteur, Faculté de Médecine, 28 avenue Valombrose, 06107 Nice Cedex 2, France
Implantée dans le département des Alpes-Maritimes, la plateforme multi-sites Microscopie Imagerie Cytométrie Azur (MICA) est unique dans le Sud Est à fédérer autant de services d’imagerie cellulaire de laboratoires académiques en sciences de la vie depuis sa création et labélisation par le GIS IBiSA en 2010. Elle regroupe les expertises en cytométrie en flux, analyse du plancton, microscopie/imagerie et analyse d'images de 8 partenaires sur la Côte d'Azur: l'Institut de Biologie Valrose (UMR7277 CNRS - INSERM U1091 -UniCA, Nice),
l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (CNRS UMR7275 -INSERM U1323 - UniCA), le Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire (UMR INSERM U1065 - UniCA, Nice), l’Institut de la Mer de Villefranche s/Mer (IMEV CNRS – Sorbonne Université, Villefranche-sur-Mer), le Centre Commun de Microscopie Appliquée (UniCA, Nice), l’Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement (UMR7284 CNRS - INSERM 1081 - UniCA), l’Institut Sophia Agrobiotech (ISA, UMR INRAE 1355, CNRS 7254, UniCA), Valbonne) et l’équipe projet Morpheme (INRIA/I3S/iBV).
Elle est à disposition immédiate des 97 équipes et ~1200 personnels de recherche de ces laboratoires où elle est déployée et ouverte à tous les laboratoires académiques et sociétés privées. Ainsi, depuis 15 ans toute la communauté académique et industrielle régionale ou nationale bénéficie des équipements (56 systèmes de microscopie à ce jour) et de l’expertise technologique du personnel (34 ingénieurs et chercheurs). Cette expertise est notamment reconnue au travers des enseignements et des formations dispensées auprès de ces publics (notamment au catalogue de CNRS Formations Entreprises). Les expertises de la plateforme sont principalement la microscopie à fluorescence, la microscopie électronique, la cytométrie en flux/tri cellulaire et l’imagerie automatisée du plancton et l’analyse d’images. Cette présentation sera focalisée sur l’offre de service en imagerie de l’organe à la cellule, les développements technologiques et méthodologiques dans ce domaine ainsi que les potentialités et outils en analyse d’images. Nous exposerons notamment notre solution pour maitriser le cycle de vie des images de façon FAIR (Findable Accessible Interoperable Reproductible) et leur analyse. Ces outils sont disponibles depuis 2019 pour l’ensemble des laboratoires en sciences de la vie d’Université Côte d’Azur et les stations d’EMBRC-France en partenariat avec l’Infrastructure Nationale en Biologie Santé (INBS) Institut Français de Bioinformatique (IFB).