Déshydratation + inclusion pour techniques de transcriptomique spatiale
Bonjour à tous,
La déshydratation de nos échantillons de moyenne à grande taille se réalise selon un protocole effectué par notre automate Logos de Milestone, ci-dessous:
Nous utilisons de l'isopropanol à la place du xylène.
Nous avons eu connaissance qu'une société privée bien connue développant des lames et kits pour réaliser des techniques de transcriptomique spatiale indique que le solvant est inadapté, que la température de la paraffine est trop élevée (pas plus de 60 à 62°C) et le temps d'incubation dans les bains de paraffine est trop long (1 à 2 h max). L'utilisation d'alternatives au xylène entraine des variabilités dans les résultats et ne sont donc pas recommandées. Ils disent bien que la qualité des ARNs peut-être suffisante par rapport à leur seuil mais que ça entraine une variabilité à prendre en compte.
Pourtant, ce protocole n'a pas été testé pour vérifier la bonne qualité des ARNs.
Bonjour Stéphanie,
Je ne sais pas si j'ai bien compris ta question ni si j'y donnerai une réponse acceptable, mais de notre côté pour te faire un retour, nous n'utilisons pas l'isopropanol comme alternative au xylène mais du methylcyclohexane et nos bains de paraffine sont à 62°C (2x2h30). Nous avons testé 3 technologies de transcriptomique spatiale différentes sur le marché, sans avoir testé les qualités de nos ARN au préalable, sachant que ce sont parfois des blocs de résidus opératoires vieux de 10 ans, ou ayant été processés de façon hétérogène (plusieurs heures au bloc opératoire à température avant récupération et fixation, des temps de fixation également hétérogènes). Malgré cela, nous avons toujours eu des résultats exploitables et permettant de tirer des conclusions logiques par rapport à la biologie du tissu.
Ces technologies (bien qu'elles aient toujours des recommandations de qualité minimale), revendiquent malgré tout d'être efficace même sur des échantillons ayant des qualités d'ARN pauvres (avec des DV200 parfois de seulement 20%!).
Dans tous les cas, je te recommanderais toujours de faire à minima un HE ou un marquage DAPI qui sont déjà de bons indicateurs de la qualité de ton tissu en amont d'une manip de transcripto spatiale. Et dans l'idéal, si tu veux une indication quantitative de sa qualité, le mieux est de mesurer le DV200 de plusieurs échantillons issus de vos process de déshydration et imprégnation actuels.
Il faut savoir, que certaines études ont montré qu'un DV200 élevé n'est pas toujours le garant d'obtention de résultats de qualité issus de transcripto spatiale et inversement. J'espère t'avoir un peu aiguillé et je reste dispo si tu veux en discuter à l'occasion.
Julien