Les cellules souches et progéniteurs hématopoïétiques (CSPH) sont responsables du renouvellement continu des différentes lignées de cellules sanguines et leur dérèglement est à l’origine de cancers du système sanguin. Chez l’embryon de vertébré, les CSPH émergent dans la région AGM (Aorte Gonades Mésonéphros), plus précisément au niveau de l’aorte dorsale. Afin de mieux caractériser la signature moléculaire du microenvironnement aortique in vivo, nous avons combiné des approches de microdissection laser, de transcriptomique et de biologie computationnelle. La microdissection laser nous a permis d’isoler sur coupes d’embryons de souris à plusieurs stades du développement des cellules situées sous l’aorte dorsale et entre la notochorde et le plafond de l’aorte. Elle a nécessité des ajustements à l’étape de microdissection proprement dite mais aussi en amont et en aval afin de collecter des échantillons biologiques de qualité pour des analyses moléculaires. La combinaison d’approches transcriptomiques à l’échelle populationnelle (puces à ADN pour les tissus microdisséqués) et à l’échelle cellule unique (pour l’AGM entière) a révélé l’hétérogénéité du mésenchyme aortique et l’existence d’une population de cellules mésenchymateuses sous aortiques exprimant à la fois des gènes mésenchymateux et neuraux. Des expériences fonctionnelles ont indiqué que la molécule Décorine, un composant de la matrice extracellulaire, est nécessaire au développement des CSPH. Ces résultats apportent un éclairage original sur la niche des CSPH chez l’embryon.